排除世界卫生组织独立调查争议
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2020年4月，澳洲总理莫里森、外交部长佩恩及国防部长达顿等先后公开表示，由于严重特殊传染性肺炎在世界各地造成严重灾情，各国都应支持、且有义务调查中国的病毒源头与传播途径。澳洲外长佩恩称，调查需由世卫以外的独立机制进行，调查范围应包括病毒在中国的起源、应付病毒的方法，以及中国曾对外公开的资讯等。澳州卫生部长亨特亦表示，推动独立调查是关乎澳洲以至全球利益，“当发生一场重大的全球性灾难，而不进行调查，这看起来很奇怪。最终我们必须采取行动，不仅为了符合澳洲利益，而且符合全人类的福祉。[38]
针对澳洲倡导的国际独立调查，中国外交部发言人耿爽则指控澳洲是从美国得到“某种消息”，然后进行“政治操弄”。[39]中国驻澳洲大使成竞业接受澳洲媒体访问时警告，中国消费者或因而杯葛澳洲产品。[38]澳大利亚尝试游说法、德、英等国家领导人支持排除世卫组织的调查，但遭到冷遇，英法表示现在不是调查的时候，德国支持调查但同时表示支持世界卫生组织[40]。
2021年6月，世界卫生组织病毒溯源专家组成员、荷兰病毒学家古柏曼斯（Marion Koopmans ）日前要求各成员国授权开展第二阶段的病毒溯源研究，并警告在中国检查血液样本以及其他重要线索的时间已所剩无几[41]。美国白宫国家安全顾问沙利文6月20日对媒体表示，如果中国不配合对导致2019冠状病毒疾病全球大流行的新冠病毒源头进行“真正”的调查，将面临国际上的孤立。[42]当月，世界卫生组织表示，由于中国方面数据的缺失，该组织对COVID-19起源的调查尚无定论[43]。
中国大陆媒体称美国拒绝调查病毒起源争议
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2020年6月8日，美国驻华大使馆推特账号发表美国国务卿蓬佩奥表态：美国和120多个国家支持调查COVID-19来源，让中国就世界卫生大会5月18日的决议给个交代。但有中国大陆媒体指5月18日美国在世卫大会题为“COVID-19 response”的决议中没有参与“调查病毒来源”的投票[44]。美国在5月29日才宣布中断与世卫组织的联系，有中国大陆媒体因此认为美国早就决定不会配合调查病毒起源。[45]
中国被指干涉和拒绝世界卫生组织调查
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世界卫生组织驻华代表高力接受天空新闻訪問，表示世界卫生组织多次请求加入中国正进行的病毒源头调查工作，但均被拒绝且未提供合理理由，而根据世界卫生组织掌握的资料，病毒是源自中国武汉，相信为自然产生，非人造。[46]
纽约时报报道，世卫组织的病毒起源研究分两个阶段展开。其中第一个阶段通过查看医院记录以及走访2019年12月的患者来确定首批患者，此外第一阶段还包括调查跟踪武汉市场上销售的野生动物和供应链。第一阶段由中国科学家主导，外部人士对中国科学家的工作进行远程评审。第二阶段为国际专家与中国合作共同在动物宿主和中间宿主中寻找病毒。而世卫组织曾于2020年7月向中国派出两名专家。这两名专家始终未能前往武汉。当时中国官员还表示，2019年欧洲的污水系统中发现了COVID-19病毒，世卫组织应该在欧洲展开调查[47]。
2021年1月初，世卫宣布一个10人世卫国际专家团准备前往中国追溯冠病大流行。不过1月5日，谭德塞证实，国际专家团的签证仍未获批，谭德塞本人感到非常失望[48]。1月14日，世卫组织的溯源专家被允许来华调查[49]。
2021年2月12日，据《华尔街日报》援引世界卫生组织调查人员的话报导称，中国当局拒绝向WHO调查人员提供有关早期新冠病毒感染病例的原始个人数据，世界卫生组织调查人员认为，这些数据可以帮助调查人员确定病毒如何以及何时在中国开始传播[50]。
2021年3月30日，中国-世卫组织新冠病毒溯源联合研究报告发布，认定武汉实验室泄漏病毒的可能性“极低”[51]，但世界卫生组织总干事谭德塞要求对武汉病毒所是否泄漏引发疫情重新进行调查，他同时公开批评中国当局没有给国际专家提供足够信息。[52]美国、澳大利亚、加拿大、英国、韩国、挪威等14国政府指控中国妨碍国际专家调查工作[53]。美联社则认为，协助世界卫生组织调查的美国科学家、生态健康联盟（Eco Health Alliance）的领导人彼得·达萨克向武汉病毒学研究所提供了至少60万美元的国家卫生研究院经费，并长期为中国辩护[54]。3月31日，中方专家组组长、清华大学教授梁万年表示，中方专家掌握的信息和外方专家掌握的信息不存在差异，“中国没有给原始数据的假设和提法不成立”[55]。
2021年7月22日，中国国家卫健委副主任曾益新表示，中国不接受世界卫生组织提出的新冠溯源第二阶段计划[56]。8月13日，中国外交部副部长马朝旭表示中国—世卫组织联合研究报告的形成，完全遵循世卫组织程序，采取了科学方法，已经被证明是一份有价值的、权威的、经得起科学检验、经得起历史检验的报告。这份报告已由世卫组织正式发布，理应成为全球溯源工作的基础和指南，任何企图推翻和歪曲联合研究报告结论的做法，都是政治操弄，也是对全球科学家和科学的不尊重。再次拒绝世界卫生组织要求对COVID-19起源进行新调查的呼吁[57]。
2023年1月底，一些来自于中国疾病预防控制中心的数据上传至“全球共享所有流感数据倡议组织”（GISAID），这些数据与2020年在武汉华南海鲜市场采集的样本有关，后来这些数据被删除。在数据被删除前，多个国家的科学家已经将其下载并展开分析。世卫组织敦促中国疾病预防控制中心将数据分享给国际科学界以供分析并称于3月14日召集了新型病原体溯源科学咨询小组、要求中国疾控中心的研究人员和多名国际科学家向其提交有关这些数据的分析结果。2023年3月17日在联合国新闻《世卫组织总干事：任何有关新冠病毒溯源的数据都应同国际社会共享》一文中，世卫组织新冠疫情应对技术主管玛丽亚·范克尔克霍夫（Maria Van Kerkhove）表示这些数据显示在新冠病毒呈阳性的样本当中存在貉的基因，说明一些当时在华南海鲜市场贩卖的动物可能感染了新冠病毒。谭德塞表示这些数据应该在2020年就应该分享出来。他呼吁中国在分享数据方面应做到透明。[58]
2023年3月30日，《中国疾病预防控制中心周报（China CDC weekly）》刊登了中国疾控中心病毒病所武桂珍、刘军等人“让新冠病毒溯源回归科学”的主题文章。文章指出疫情发现地点不等于疫情起源地。[59]
2023年4月8日下午，国家疾控局副局长、中国疾控中心主任沈洪兵表示，新冠病毒溯源研究是一个很专业的问题，中国在溯源科学问题上一直秉持科学态度，率先主动邀请世卫组织选派国际专家组两次来华合作开展溯源联合研究，在武汉完成了第一阶段联合溯源研究，形成了《世界卫生组织召集的SARS-CoV-2新冠溯源研究：中国部分——世卫组织联合研究报告》。在整个第一阶段联合研究过程中，中国向联合专家组提供了当时所掌握的所有溯源相关资料，没有隐瞒任何病例、样本及其检测和分析结果。世卫组织个别官员和专家随意发表观点，轻率否定当时的结果，完全是违背科学精神的，是将新冠溯源政治化的表现。中方奉劝世界卫生组织有关人士回归科学和公正的立场，不要主动或被迫成为个别国家把新冠溯源政治化的工具。[60]
美媒被指扭曲访华世界卫生组织观点
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2021年2月13日，据香港媒体报导，世界卫生组织专家组成员彼得·达萨克和费舍尔（Thea K Fischer）在Twitter上指责美国媒体对自己的观点进行扭曲及断章取义以迎合之前媒体定下的结论，他们从中国方面得到重要的新数据，和中国方面有良好的合作，达萨克更点名批评《纽约时报》无耻[61][62]。
中国媒体报导称“瑞士生物学家”称美国施压世卫组织溯源工作
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主条目：威尔逊·爱德华兹事件
2021年7月31日，观察者网、中国新闻网[63]引述，中国官方媒体新华网[64]、人民网[65]转载一位名叫“威尔逊·爱德华兹”的“瑞士生物学家”的观点，该观点称“世卫组织新冠溯源工作在美国的施压下可能被政治化”[66][67]。
在中国官方媒体数天来报导关于“威尔逊·爱德华兹”的新闻后，瑞士驻华大使馆于微博辟谣，声明相关报导是假消息，又指出瑞士不存在名为“威尔逊·爱德华”的公民，生物学界未有以该名字署名的文章，其脸书账户于7月24日开设，仅发帖一条，只有三位好友，推测该账户非为社交目的开设[68][69]。瑞士驻华大使馆同时又发布“寻人启示”，写道：“寻找多天来中国新闻和社交媒体中引述的名为‘威尔逊·爱德华兹’（Wilson Edwards）所谓生物学家，如果你存在，我们很想认识你！但更可能的是，这是个假新闻。我们呼吁中国媒体和网民删除这个帖子。”在瑞士驻华大使馆发布声明的数个小时后，该为“Wilson Edwards”的帐户消失不见，帖子亦被删除[70]。
此外，《新华社》最初发布的报导称，“爱德华兹”的评论最初被美国“南太平洋之声”广播电台网站引用，报导时间是7月27日。据澳洲广播公司报导，“南太平洋之声”是一家设立在太平洋岛国斐济的华文媒体，其手机新闻客户端以转载中国官媒的报导为主，该媒体在7月27日发布的文章是其少数的原创英文报导之一。澳洲广播公司又指无法证实“南太平洋之声”是否属于一家美国媒体，又指对方没有回应他们的置评请求[70]。